Det tidligste man kender til stedet er, at det i 1231 nævnes i kong Valdemars Jordebog. Valdemar Sejr ejede krongods i Engestofte og i tiden derefter blev det i lighed med mange øvrige krongodser på Lolland pantsat til den holstenske grev Johan og hans allierede, for senere igen under Valdemar Atterdag og Margrethe d. I, at komme ind under kongemagten.

Erik d. 7. af Pommern pantsatte igen gården og den var i en årrække pantelen for forskellige adelsmænd, bl.a. Niels Pedersen Gyldenstjerne til Aagaard og Bregentved. I 1459 kommer Engestofte igen i kronens besiddelse.

1496 overtages det af adelsmanden Jørgen Olsen Baad, idet Kong Hans mageskifter det ud af kronens besiddelse. I 1529 sælger enken Elsebe Albrechtsdatter Grubendal besiddelsen til sin fætter rigsråd Johan Urne, og han erhvervede af kronen Engestofte Kirke, som siden kom til at følge gården.Hans søn Jørgen ejede Engestofte i en snes år efter faderens død.

Fra 1558-1695 var Engestofte gennem flere arveskifter på kvindesiden i ejendom af forskellige slægter. Anne Urnes ægtefælle Peder Ottesen Huitfeldt, har næppe virket på Engestofte, men han opsatte en kirkeklokke i Engestofte kirke der bar hans navn og årstallet 1575.

Datteren der arvede gården blev gift med en holstensk adelsmand, Hans Wittrup. Efter hans død i 1599 overgik gården til datteren Barbara som blev gift med den yngre Christian Friis til Kragerup som var kongens kansler, og havde talrige andre godser og derfor ikke ofrede megen tid på Engestofte.

I sin enkestand boede Barbara tilsyneladende på Engestofte og satte sig et minde ved at erhverve den smukke altertavle der nu hænger i Engestofte Kirke, fra klosterkirken i Maribo.

Hendes yngste datter Anne Cathrine fik som enke svære problemer med godset, bl.a. med at få skattefrihed da hovedgården ikke var komplet. Desuden var der problemer med oversvømmelser af de sønære jorder pga. at Maribo Vandmølle stoppede for afløbet til søerne. Dette blev et vedvarende problem og der blev ført mange processer og afsagt mange domme om dette forhold i tiden fremover.

Efter at slægten havde haft gården i ca.150 år valgte Fru Anne Cathrine at sælge besiddelsen. 1695 ophørte det som adelseje og erhvervedes af etatsråd Chr. Lerche på Nielstrup. Han fik samlet Engestofte til et større herresæde ved tilkøb og bortsalg af spredt bøndergods.

Enken Sopie Ulrica von Reichou giftede sig igen og flyttede til Norge, hvorefter Engestofte blev solgt til endnu en driftig købmand. Bertel Wichmand, der var ud af en fynsk slægt og havde skabt sig stor velstand som købmand i Nykøbing F., købte Engestofte i 1727.

Wichmand døde allerede i 1732 og enken, Bodil Cathrine Wichmand, giftede sig med en højesteretsassessor Rasmussen.

I sine første besidderår oprettede fru Rasmussen Engestofte hospital, et slags fattighjem for seks beboere. Denne bygning ligger stadig bevaret nordøst for kirken. Senere gik det økonomisk dårligt for fru Rasmussen bl.a. pga. dårlige tider for landbruget og den trefløjede hovedbygning i bindingsværk var i meget dårlig stand.

I 1751 sluttede hun købekontrakt med sin yngste søn, Jørgen Wichmand der dog først fik skøde derpå af de øvrige arvinger efter moderens død ti år senere.

Sammen med sin bror der var officer, blev han adlet i 1777 under navnet Wichfeld og fik gjort Engestofte til Stamhus, idet han medtog sin uformuende bror, hvis søn blev arving, da han selv var barnløs og ugift. Etatsråd Jørgen Wichfeld døde i 1797 og to år senere i 1799 overtog Henning Wichfeld Stamhuset Engestofte.

Henning Wichfeld gennemførte i årene 1804-07 hovedbygningens nyopførelse. Den gamle hovedbygning var så medtaget at den blev fuldstændig nedrevet. Den nye hovedbygning blev opført over en kælder i to etager i nyklassicistisk stil. Bygmesteren er ukendt, men mange kilder nævner, at den bærer tydeligt præg af at være inspireret af C. F. Harsdorff.

Hovedbygningens midterparti har på langsiden mod nord, fire søjler (ioniske pilastre) som bærer en udsmykket trekantet gavl (en fronton) og i en profileret gesims. Imellem etagerne er der i midterpartierne, på begge langsider, 3 sandstensbånd som dekorativt indslag. Gavlsiderne er glatte.

Henning Wichfeld der var en dygtig økonom gennemførte også det store arbejde med udskiftningen af jorden og udflytning og nybygning af gårde. Han døde i 1846 og overlevedes kun i få år af sin hustru Anna Henriette Marie. Den næste besidder i slægten bliver den ældste søn Jørgen Wichfeld (født 1800).

Avlsgården nedbrændte og blev genopført i 1857, hvorved kirken kom til at ligge mere frit. Denne blev i øvrigt også grundigt restaureret, bl.a. med ny prædikestol og nye stolestader.

Kammerherre Jørgen Wichfeld døde 1888 og afløstes som besidder af sin søn Henning Wichfeld (født 1849) og var gift med Ellen Brun. Han var uddannet forstmand og interesserede sig ikke mindst for godsets skove.

I 1889 blev hovedbygningen restaureret og forlænget med en tilbygning mod øst. Han døde i 1907 kun 58 år gammel. Den ældste søn Jørgen Adalbert Wichfeld (født 1885) overtog stamhuset efter et par års formynderstyrelse.

Avlsgården blev delvist ombygget i 1921 efter en brand og efter lensafløsningen tog familien ophold i Italien og vendte først tilbage til det besatte Danmark i 1941.

Her blev Monica Wichfeld en fremtrædende skikkelse i den danske modstandskamp, og Engestofte blev centrum for nedkastning af faldskærmsagenter, våben og sprængstoffer. Hun blev under optrevlingen af Hvidstengruppen anholdt og fængslet og hun dømtes til døden. Efter at dommen var ændret til livsvarigt fængsel, selvom hun protesterede mod en nazistisk nådesbevisning, døde hun i februar 1945 i tugthuset Waldheim ved Dresden.

Arveskiftet efter Jørgen A. Wichfeld nødvendiggjorde i 1967 et bortsalg af godset. Den nye ejer direktør William Berntsen, som havde skabt sig en formue i jernindustrien, købte godset bortset fra hovedbygningen og parken, som blev beholdt af sønnen Viggo de Wichfeld, som lod hovedbygningen gennemgå en omfattende restaurering.

Sønnen William O. Berntsen arvede, efter sin fars død, Engestofte og i 1996 tilkøbte han nabogodset Søholt. Den 27. oktober 1997 oprettede han "Engestofte & Søholt fonden", i dag "William O. Berntsens fond".

William O. Berntsen døde uden livsarvinger og havde testamentarisk ønsket af godserne skulle drives som en fond. Imidlertid sagde Ministeriet for Fiskeri, Landbrug og Fødevarer nej til, at landbrugsjorden kunne overtages af en fond og derfor blev godserne samlet sat til salg, da fonden ikke ønskede at skille landbrugsjorden fra skov og søarealerne.

I november 2003 er de samlede godser Engestofte, Søholt og Ulriksdal omfattende ca. 2.550 ha, solgt til godsejer Frederik von Lüttichau.